Контроллер для коптера, являющийся "мозгом" аппарата, представляет собой бортовой компьютер, управляющий всеми системами БПЛА (БесПилотный Летательный Аппарат). Именно он передаёт сигналы на регуляторы скорости вращения электродвигателей ESC, устанавливая тягу подъемных винтов для изменения положения и скорости коптера. Также он генерирует команды на активацию тех или иных функций бортовых систем коптера. Инициирующие команды могут поступать как от пульта дистанционного управления, так и от бортовых датчиков. Основные различия полётных контроллеров для мультикоптеров заключаются в функционале и количестве каналов управления: контроллер для гексакоптера вы можете установить и на квадрокоптер, без задействования части имеющихся каналов. Бюджетные коптеры, которые применяются исключительно для развлечения оснащаются простейшими контролерами с минимальным набором функций. Они не требуют большого времени автономной работы и стабилизации в воздухе, имеют малый радиус действия и мизерную полезную нагрузку. Для безаварийного управления ими требуются достаточно хорошие навыки, так как такие модели не имеют встроенной системы стабилизации. Полетный контроллер для коптера профессионального класса обычно оснащается дополнительными встроенными датчиками или имеет выходы для их подключения. Благодаря этому такой прибор может выполнять роль автопилота, осуществляя автоматическую стабилизацию и управление летательным аппаратом. Гироскоп позволяет фиксировать изменение углового положения аппарата, электронный компас обеспечивает удержание заданного направления полета, а акселерометры контролируют скорость линейного перемещения. Для определения высоты используются барометрические или другие виды датчиков. Кроме того, коптер может оснащаться дальномером, фиксирующим препятствия на пути и определяющим расстояние до них, что дает возможность избегать аварийных ситуаций. Дополнительные датчики обеспечивают безопасность полетов: например, в аварийной ситуации, коптер может самостоятельно совершить посадку. Своё положение в пространстве квадрокоптер с GPS отслеживает по сигналам, принимаемым с навигационных спутников. Благодаря этому высокая точность от гироскопов, акселерометров и высотомеров не требуется: в данном случае они играют вспомогательную роль. За счёт чего обеспечивается общее удешевление системы. Коптер с GPS способен выполнять полет в автоматическом режиме по заданным точкам, удерживая необходимое положение в пространстве, и возвращаться на место старта после выполнения задания. Также коптер самостоятельно возвращается в точку запуска в случае выявления каких-либо неполадок, фиксируемых системой самодиагностики. Такой коптер является полнофункциональной роботизированной системой, способной выполнять задания при минимальном вмешательстве оператора. При установке на управляемый подвес с FPV-камерой дальномера и набора дополнительных датчиков коптер с GPS системой на борту сможет выдавать данные для оперативного определения координат наземных объектов непосредственно в процессе полета, без необходимости последующей привязки полученных снимков к контрольных точкам. Если коптер используется для патрулирования, эта функция позволит точнее направлять наземные службы.